O Convento de Santa Clara, situado no sítio das Cruzes, foi edificado na parte superior de uma saliência rochosa, com ampla vista sobre a baía do Funchal, junto à residência dos seus fundadores, João Gonçalves da Câmara (†1501), 2.º capitão do donatário do Funchal, e sua mulher, D. Maria de Noronha.
A construção do convento foi autorizada pelo papa Sisto IV, em 1476, que concedeu direito perpétuo do padroado aos fundadores e, em 1488, D. Manuel (1469-1521), ainda duque de Beja e futuro rei de Portugal (1495-1521), solicitou aos fidalgos, cavaleiros, escudeiros, homens bons da Madeira, que contribuíssem com esmolas para a construção do primeiro convento feminino da ilha, determinando, em 1489, que não entrariam mulheres estrangeiras. Aqui seriam recolhidas as filhas dos fundadores e da nobreza insular.
As obras, iniciadas em 1492, ficaram concluídas entre 1495 e 1497. Devido à necessidade de viajar até Lisboa, o fundador delegou na sua filha, D. Constança de Noronha, as obras e gestão da fábrica do convento, onde foi sepultada, como documenta a lápide tumular que antecede os coros, juntamente com sua irmã, D. Isabel, primeira abadessa (1526).
Por bula papal de 1495, o convento ficou sujeito à Regular Observância e Perpétua Clausura e, em 1496, confinado à 2.ª Regra de Santa Clara, devendo as clarissas obediência ao guardião do Convento de São Francisco do Funchal. Em 1496, D. Manuel I ofereceu uma renda e permitiu às freiras herdarem propriedades, que resultou na posse de extensas terras em todo o Arquipélago da Madeira, com canas-de-açúcar, vinhas, pão e frutos, os quais eram pagos em géneros ou numerário. Contribuiu, ainda, para a acumulação de grande riqueza, a isenção de alguns impostos, o recebimento de legados pios, dotes, rendas e foros, bem como os juros de capital que emprestavam a 5%.

Com a lei de 1834, que determinou a extinção das Ordens Religiosas em Portugal, o Convento de Santa Clara ficou extinto, como previsto na lei, com a morte da última freira, a madre abadessa Maria Amália do Patrocínio, a 14 de novembro de 1890, sendo o convento e os bens do mesmo incorporados na Fazenda Pública. No entanto, entre 1834 e 1867, os legítimos herdeiros, padroeiros e proprietários do convento, os condes e marqueses de Castelo Melhor, reivindicaram a posse do convento, correndo pleito judicial, do qual saíram vencedores, no entanto, não tomaram posse legítima do imóvel que passou para o Estado.
Em 1896, o convento foi cedido, a título provisório, à Associação Auxiliar das Missões Ultramarinas para o estabelecimento de um colégio, cuja abertura ocorreu em 1898, ficando a direção a cargo das Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria. Depois da implantação da República, a 5 de outubro de 1910, as Irmãs Franciscanas foram expulsas e o Estado, na qualidade de proprietário da igreja e do convento, cedeu as respetivas instalações, por decretos de 1912 e 1913, à Câmara Municipal do Funchal, à Santa Casa da Misericórdia e ao Auxílio Maternal, com vista ao alargamento de uma rua, construção de um hospital e abertura de uma creche, respetivamente. Estes projetos não foram concretizados, pelo que o convento voltou, em 1924, à posse do Estado, sendo cedido, em 1927, a favor do Ministério das Colónias, para ser entregue às atividades do Colégio das Missões Ultramarinas do Clero Secular Português. A direção ficou a cargo, novamente, das Irmãs Franciscanas que, em 1929, criaram uma creche, que se mantém até à atualidade.
A partir de 1924, e particularmente a partir dos anos 40, sob alçada da Direção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais, as obras, reparações e restauros foram realizados por donativos particulares e, sobretudo, por dotação de verbas por parte do Estado.

A área total do espaço conventual é de 8.466,70 m2.
A igreja e o convento apresentam elementos arquitetónicos e artísticos que vão desde o Tardo-Gótico, Manuelino, Renascimento, Maneirismo, Barroco, Rococó e Neoclássico, testemunhando as sucessivas campanhas de obras ao longo dos séculos. O convento é de planta irregular e constituído por diversos volumes articulados: igreja, átrio/sala da roda, coros, torre, claustro, capelas, casa do capelão, residência da Congregação das Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria e escola. Além do imóvel e da sua importância arquitetónica, acresce um significativo espólio móvel e móvel integrado, como retábulos de talha dourada, azulejaria, escultura, pintura e ourivesaria, produção de oficinas regionais, nacionais e estrangeiras.
A atual capela-mor da igreja corresponde à primitiva Capela de Nossa Senhora da Conceição, edificada por João Gonçalves Zarco (c.1390-1471) para jazigo familiar. O seu túmulo, em pedra e de grandes dimensões, foi removido do centro da capela-mor, em 1768, por ser inconveniente às cerimónias religiosas, restando dessa memória apenas uma caixa de madeira, hoje no coro baixo. Na igreja, destaque-se o portal gótico em pedra branca importada (c.1450-1460); as sepulturas dos capitães dos donatários do Funchal (chão da capela-mor) e o túmulo de Martim Mendes de Vasconcelos (c.1432-c.1493), de traça manuelina (parede fundeira); a alta torre, de planta quadra-da e cúpula oitavada, forrada com azulejos seiscentistas; os azulejos que forram as paredes, de padrão de Marvila (séc. XVII); o sacrário e os lampadários de prata (sécs. XVII e XVIII); os retábulos em talha (séc. XVIII). Pela raridade, diversidade decorativa e beleza ímpar, destacam-se os azulejos hispano-mouriscos ou mudéjares (Sevilha, séc. XVI), com desenhos de inspiração gótica-cristã e islâmica, que revestem os pavimentos dos dois coros (90 m2 cada um).
No coro alto, observa-se o teto mudéjar com os tirantes gravados de motivos geométricos e radiais e o cadeiral (sécs. XV/XVI); o retábulo e imagem de «Nossa Senhora da Assunção» (séc. XVII); os azulejos pseudo-enxaquetados (séc. XVII). No coro baixo, merece atenção o retábulo do Calvário (séc. XVI), com pintura atribuída a oficina portuguesa, Fernão Gomes e Diogo Teixeira, e escultura de «Cristo crucificado», possivelmente de escola espanhola; o retábulo de Santo António (séc. XVII), proveniente da capela do claustro; o cadeiral (1736); a imagem do «Senhor dos Passos» (séc. XVIII); e a arca tumular de João Gonçalves Zarco (séc. XVIII).
Henrique Henriques de Noronha, historiador e genealogista madeirense, em 1722, refere a existência de 17 capelas, «bem ornadas», que estavam distribuídas pelo interior do convento, a maioria na zona do claustro. A Capela da Ressurreição, interessante exemplar de estética barroca, apresenta o interior totalmente decorado, com obras dos séculos XVII e XVIII, de oficinas nacionais e regionais: azulejos de tapete com padrão de camélia; retábulo de gramática maneirista com pinturas alusivas à Páscoa; teto e portas pintados com elementos vegetalistas e anjos. «Nossa Senhora da Candelária (negra)» é pintura de oficina de Canárias (séc. XVIII). Na Capela do Santíssimo Sacra-mento, com curiosas portas decoradas com motivo de linho pregueado, foram remontados o teto (séc. XVIII) e o retábulo do Bom Jesus (sécs. XVI e XVII), com pinturas de oficinas nacionais e regionais, sendo «Cristo» e a «Virgem» do espólio do Museu de Arte Sacra do Funchal (MASF51 e 52), e na parede uma «Eucaristia» (séc. XVIII). A Capela de Nossa Senhora do Monte remete para uma devoção muito antiga na Ilha da Madeira, desde o século XV, ficando o seu interior ornado com obras de talha e pinturas recuperadas de diversas dependências, de oficinas nacionais e regionais (sécs. XVII e XVIII), sendo «Nossa Senhora do Monte» pertencente ao espólio do Museu da Quinta das Cruzes (MQC3183). Na Capela de São Gonçalo de Amarante, as paredes estão forradas por azulejos de padrão de massaroca, sendo aqui recolocado o seu retábulo tardo-maneirista (séc. XVII), com pinturas atribuídas a Martim Conrado. Ainda no claustro, anote-se os oratórios de São Bernardo de Claraval (séc. XVII) e do Bom Jesus (1733).
Nas duas capelas do alpendre, destaque-se numa o chão coberto com azulejos de técnica majólica, de inspiração ítalo-flamenga (Portugal, séc. XVI) e, noutra, a imagem de «São Miguel Arcanjo» (Lisboa, séc. XVII).
Na sala de exposição, estão reunidas diversas obras de arte, desde mobiliário, talha, escultura, pintura, azulejo, cerâmica
e ourivesaria, de oficinas estrangeiras (Espanha, Flandres, Itália, Oriente e América Central), nacionais (Lisboa) e regionais, cuja produção se localiza nos séculos XVI a XVIII. São testemunhos patrimoniais que perderam o local primitivo para onde foram encomendados, mas após aturada investigação e procedimentos de conservação e restauro fez-se renascer das cinzas interessantes estruturas retabulares há muito desmontadas, fragmentadas e dispersas pelo convento.

O presente projeto, Reabilitação e Restauro do Convento de Santa Clara – Monumento Visitável, projetado e coordenado pela Secretaria Regional de Turismo e Cultura através da Direção Regional da Cultura, contou com a parceria do Laboratório José de Figueiredo e do Museu Nacional do Azulejo. A complexa e cuidada intervenção global nas áreas visitáveis foi possível com o apoio do Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER) – Programa Operacional da Região Autónoma da Madeira 2014-2020 (Madeira 14-20).
O Convento de Santa Clara, incluindo a sua igreja, está classificado como Monumento Nacional, desde 1940.

Créditos fotográficos: Filipe Matos