O Museu A Cidade do Açúcar é a consequência natural de uma pequena unidade designada, Núcleo Museológico A Cidade do Açúcar, inaugurada em 1996, como memória de uma casa manuelina destruída no século XIX, do comerciante João Esmeraldo, que hospedou o descobridor da América, Cristóvão Colombo.
Pretendia, o núcleo museológico a quando da sua inauguração, ajudar ao reconhecimento na cidade do Funchal de edifícios históricos, ou unidades museológicas ligadas à fundação da cidade e aos primeiros séculos da sua existência, através de uma exposição didática e de guias de visita do Funchal manuelino. Sendo apenas parte de um todo, que se articulava nas outras unidades existentes e que no conjunto se constituiriam como um museu da cidade.
O Museu A Cidade do Açúcar é um museu preferencialmente de leitura e enquadramento dos achados arqueológicos reconhecidos na cidade do Funchal e particularmente da escavação realizada em 1989 das antigas casas de João Esmeraldo, existentes no local onde hoje se situa o Museu, e que depois de destruídas no século XIX, só levaram ao reencontro do antigo poço.
O espólio da escavação, ajuda a perceber o quotidiano da Cidade entre o final do século XV e os meados do século XVII.
Assim o novo Museu, não pretende constituir-se como espaço de identificação da memória da produção e tecnologia açucareira, nos seus dois mais importantes ciclos, no século XV-XVI e XIX, esse deve ser encontrado na recuperação e musealização de um antigo engenho de Açúcar.
O Funchal, pequena vila de artesãos, ultrapassará as margens de uma ribeira, instalando a partir de meados do século XV o embrião de uma cidade, fundada em 1508. Esta área de expansão territorial está ligada à produção e ao comércio do Açucar, exportado para portos do norte da Europa, com primazia a Bruges e depois Antuérpia, mas também para o Mediterrâneo até Constantinopla.
Nas escavações arqueológicas ocorridas em 1989, foi encontrado um espólio representante da vida da ilha da Madeira desde o século XV até meados do século XVIII. Foram recuperadas grandes quantidades de fragmentos de cerâmica Portuguesa do século XV/XVI e XVII, os ditos “Aranhões”, assim como anforetas, cachinbos, bilhas, escudelas, selos de chumbo, moedas, e outros, que foram exumados de um poço ainda existente. Na coleção, ainda algumas obras de arte, de enquadramento da época.
O Museu A Cidade do Açúcar propõe ainda um guia de reconhecimento na cidade do Funchal do ciclo açucareiro, com a indicação comentada de vários pontos de interesse histórico.