O Museu de Arte Sacra do Funchal encontra-se instalado no antigo Paço Episcopal, fundado por D. Luís Figueiredo de Lemos, em 1594. Foi desenhado por Jerónimo Jorge, mestre de obras reais, que aqui trabalhava nas defesas da cidade do Funchal. Do edifício primitivo, ainda sobrevive uma secção poente, sobre a atual praça do Município e Rua do Bispo. A sobriedade maneirista é bem visível na arcaria norte ou na Capela de São Luís de Toulosa, que apresenta na fachada uma inscrição com o nome do seu fundador, D. Luís de Figueiredo Lemos e a data de 1600. D. António Teles da Silva, Bispo do Funchal, realizou novas obras de melhoramentos, entre 1675-1682.
Após o Terramoto de 1748, importantes obras de reedificação são realizadas, visto ter ficado muito danificado. O novo projeto para o Paço Episcopal foi entregue a Domingos Rodrigues Martins. O conjunto fica então harmonizado por um bloco central, com a inscrição sobre o portal principal de 1750.
A partir de 1910 até 1950, o Paço Episcopal passaria a funcionar como Liceu do Funchal, sendo depois novamente adaptado a Museu.
Com a visita do conservador do Palácio da Ajuda, Manuel Cayola Zagallo, começa de forma mais consistente a tomar-se consciência da importância da coleção de Arte Flamenga espalhada pelas igrejas e capelas da Diocese do Funchal. Com o apoio inequívoco do Bispo do Funchal, D. António Pereira Ribeiro e das entidades públicas de então, foram as obras identificadas mandadas a restaurar a Lisboa. Após importantes trabalhos de conservação e restauro por Fernando Mardel, foram as pinturas expostas em Lisboa no Museu Nacional de Arte Antiga, em 1949. Viriam a integrar mais tarde o Museu de Arte Sacra do Funchal, inaugurado em 1955. A este conjunto, foram adicionadas outras obras, sobretudo de Ourivesaria, Paramentaria e Escultura, maioritariamente oficinas portuguesas, que se encontravam, em muitos casos fora de culto e em mau estado de conservação, em muitas igrejas da Diocese, e que passaram a fazer parte das coleções do Museu.
A destacar-se dois grupos principais, o da Arte Flamenga, com Pintura, Escultura e Ourivesaria, datável entre o fim do século XV e os primeiros anos do século XVI e o da Arte Portuguesa, entre o século XV e o século XVIII.
Na Arte Flamenga e na Pintura, destaque para os conjuntos retabulares como Descida da Cruz, atribuído a Gérard David, São Tiago, atribuído a Dieric Bouts, Adoração dos Reis Magos atribuído ao Mestre da Adoração de Machico, A Anunciação e o Tríptico de São Pedro, São Paulo e Santo André, atribuídos a Joos Van Cleve, ou Maria Madalena, os Volantes do Tríptico da Matriz da Calheta atribuídos a Jan Provoost e o Tríptico de Santiago Menor e São Filipe, atribuídos a Pieter de Coeck Van Aelst. Na escultura flamenga destaque para Nossa Senhora da Conceição, da Matriz de Machico, da escola de Malines, ou o conjunto da Deposição no Túmulo. Refira-se ainda uma excecional Bandeja, de prata dourada, puncionada de Antuérpia de inícios do século XVI.
Do conjunto da Arte Portuguesa devem destacar-se três áreas fundamentais: a Pintura, Escultura e Ourivesaria. Na Pintura, São Bento ou São Boaventura de finais do século XV, a Ascensão de Cristo de Fernão Gomes, ou as Onze Mil Virgens de Martin Conrado. Na escultura um vasto conjunto de obras desde meados do século XVI ao século XVIII, com referência especial para São Sebastião atribuído a Diogo-Pires-o-Moço, ou o conjunto escultórico do Camarim da Sé do Funchal de meados do século XVII, atribuído a Manuel Pereira, ou Santa Isabel Rainha de Portugal de meados do século XVII e Nossa Senhora dos Remédios, de meados do século XVIII.
Na ourivesaria, deve notar-se especialmente o Tesouro da Sé Catedral do Funchal, com a excecional Cruz Processional, de prata dourada, oferecida por D. Manuel I, Rei de Portugal, da segunda década do século XVI. Ainda um importante conjunto de ourivesaria maneirista, de Vasos Eucarísticos e Bandejas, de várias Igrejas da Diocese do Funchal ou a Ânfora da Sé do Funchal. Do século XVIII referência para a Urna de prata e Custódia de ouro da Sé Catedral do Funchal.
No Museu ainda uma coleção de paramentaria, com exemplares de meados dos séculos XVII e XVIII, bordada a ouro e prata, com aplicação de pedrarias.
Serviços:
Educação
O Museu possui serviços educativos com técnicos próprios de apoio ao trabalho de relacionamento com os vários públicos, crianças, jovens, terceira idade e com necessidades especiais.
Loja
Na Portaria/Loja do Museu venda e distribuição de material informativo como boletins, roteiros, postais, cartazes, catálogos sobre o Museu, as suas coleções, ou eventos temporários.
Cafetaria
O Museu possui uma cafetaria restaurante de apoio aos visitantes.