O Museu de História Natural é o mais antigo Museu em funcionamento no Arquipélago da Madeira. Está instalado no Palácio de São Pedro, no Funchal, uma das mais significativas obras da arquitetura civil portuguesa, de meados do século XVIII, mandado construir pela família Carvalhal. Foi 1º Conde de Carvalhal, João José Xavier de Carvalhal Esmeraldo Vasconcelos de Atouguia Bettencourt Sá Machado (1778-1837). Foi seu herdeiro e 2º Conde Carvalhal, António Leandro de Carvalhal (1831-1888). Do seu casamento com D. Matilde de Montufar Infante, teve duas filhas, D. Teresa da Câmara, futura condessa de Ribeiro Real e D. Maria da Câmara, que veio a casar com o Conde de Resende.
No Museu Quinta das Cruzes existe uma pintura do artista português Tomás da Anunciação, datado de 1865, em que se apresenta o 2º Conde Carvalhal e a sua família num piquenique na sua propriedade do Palheiro Ferreiro no Funchal.
O Palácio foi adquirido em 1929 pela Câmara Municipal do Funchal, tendo desde há algum tempo, deixado de ser residência dos Condes de Carvalhal. Desde 1882, ali existiu o Hotel de Carolina Sheffield, tendo também surgido depois o Colégio de São Jorge, dirigido pela Irmã Mary Jane Wilson, fundadora da Congregação Franciscana de Nossa Senhora das Vitórias, em 1884. Em 1897, funcionou ainda o Clube Internacional.
Constituído inicialmente como Museu Regional, abarcava, para além da História Natural, a Etnologia e a Arqueologia, sendo hoje o seu âmbito exclusivo o da História Natural. Foi criado em 1929, por proposta do naturalista Adolfo César de Noronha, estudioso da Ictiologia, da Ornitologia, Malacologia e da Carcinologia da Madeira ao qual se juntou em 1953, sob o patrocínio de Charles L. Rolland, industrial de Bordado Madeira, o Aquário, instalado no rés do chão do Palácio de São Pedro, com a orientação técnica e cientifica do Doutor Gunter Maul, onde se encontram representados os mais importantes elementos da fauna marinha costeira da Madeira. Desde praticamente o seu inicio o Museu contou com a inestimável colaboração do taxidermista e cientista alemão Doutor Gunter E. Maul, diretor deste Museu entre 1943-1981, dispondo de uma cada vez maior coleção de animais montados. Encontram-se neste momento expostos, 78 espécies de peixes, 247 de aves, 14 mamíferos terrestres e marinhos, 3 répteis marinhos, 152 de insetos e outros invertebrados e uma representativa coleção de rochas e minerais do arquipélago, assim como de fósseis marinhos do Porto Santo. As coleções de estudo do Museu atingem atualmente mais de 37.500 exemplares.
Este Museu, desde a sua origem, evidenciou uma vertente regionalista, só apresentando espécies capturadas no arquipélago. Tem por princípio ordenador o conhecimento da fauna, flora e geologia da Madeira.
Desenvolve ações de colheita de espécies do património natural madeirense e projetos de informação científica nos grupos zoológicos, botânicos e geológicos de modo a garantir um melhor conhecimento do património natural madeirense, assim como a sua divulgação. Realiza ainda ações de Educação Ambiental.
Desde sempre tem privilegiado uma vertente de investigação científica, publicando, desde 1945 o Boletim do Museu Municipal do Funchal, poderoso instrumento de divulgação cientifica da Madeira no Mundo.
O Museu publica, não periodicamente, ainda revista Bocagiana, com inscrição de novas espécies para a ciência dos vários arquipélagos atlânticos. A permuta com outras organizações permitiu a constituição de uma importante biblioteca especializada.
Este Museu está integrado no Departamento de Ciência da Câmara Municipal do Funchal, assim como a Estação de Biologia Marinha, junto ao Cais do Carvão no Funchal.

 Serviços:

A Secção Didática do Museu Municipal do Funchal (História Natural), constituída em 1990, é uma estrutura informal cujo objetivo primordial é promover a divulgação da informação resultante das atividades de investigação desenvolvidas no Museu, junto da população madeirense.

Tendo como meio privilegiado de atuação a população escolar de todos os níveis de ensino, a Secção Didática do Museu Municipal do Funchal (História Natural) constitui um importante elemento na prossecução dos objetivos desta instituição. É, sem dúvida, através do Museu que a maioria dos madeirenses, em idade escolar, adquire motivações e conhecimentos que viabilizam o seu interesse pelo conhecimento e estudo da História Natural do Arquipélago da Madeira.