A Câmara Municipal do Funchal adquiriu em 1966, aos herdeiros do escultor Francisco Franco, uma parte do seu espólio. Foi na época levantada a hipótese, de expor algumas das suas obras no Museu Quinta das Cruzes.
Em 1972 um novo conjunto de obras dos irmãos Franco volta a ser adquirido pela Câmara Municipal do Funchal, incluindo agora um vasto conjunto de pinturas de Henrique Franco.
Reunindo vários esforços, pôde assim a Câmara Municipal do Funchal, inaugurar um Museu dedicado a Henrique e Francisco Franco, a 7 de setembro de 1987, nas instalações do antigo Auxílio Materno-Infantil, no decorrer da Marca-Festival de Arte Contemporânea.
O Museu foi encerrado em 1995 e reaberto em 1996, mediante trabalhos de conservação e restauro do espólio e reorganização do programa museológico, com a exposição Por Causa de Paris, juntando agora mais algumas obras em depósito da coleção do Museu Quinta das Cruzes e de coleções particulares.
Foi, por razões de impossibilidade da apresentação sistemática e global da coleção, entendida a solução da sua apresentação em exposições temáticas de média ou longa duração, que exploram um aspeto particular da obra dos dois artistas.
Desde 1996, que o Museu criou as condições para incluir no discurso expositivo a organização de um roteiro de visita às esculturas de Francisco Franco dispostas em jardins e praças da cidade do Funchal.

 Serviços:

O Serviço Educativo do Museu promove visitas guiadas, atividades temáticas e ateliers de expressão plástica.

O Museu dispõe de pequena loja.