O seu percurso académico teve início na Escola Industrial e Comercial do Funchal, que agora tem por designação o seu nome. Prosseguiu para a Academia Real de Belas-Artes de Lisboa (1900-1909), onde teve por mestre seu tio, Simões de Almeida. Continuou os seus estudos em Paris (1909-1914 e 1919-1922), sob a orientação do mestre Mercier e como bolseiro do Legado do Visconde de Valmor, bolsa essa que lhe foi concedida mediante a apresentação da peça escultórica “A Justiça de Salomão”. Após uma passagem por Bélgica e Holanda e com o eclodir da Primeira Guerra Mundial, retorna à Madeira em 1914, onde, até ao fim desse conflito armado, executou várias obras assinaláveis: “busto de aviador”, “anjo”, “Semeador” e “busto de Zarco”. Estudou ainda em Roma em 1925, como pensionista do estado. Na década de 30, são-lhe comissionadas várias obras, particularmente pelo Estado Novo, o que lhe concede ainda maior projeção no contexto nacional. De entre as inúmeras exposições em que participou, merecem especial destaque a Exposição de Arte Livre (1911); Salon d'Automne (1921 e 1923) onde apresentou a sua escultura “Semeador”, que hoje se encontra nas imediações da Câmara Municipal do Funchal; Société Nationale des Beaux-arts, na qual é nomeado «Associé» com privilégio «Hors Concours»; "Cinco Independentes" (Lisboa, 1923) que incluiu os artistas Alfredo Miguéis (n. Funchal, 1883- f. Funchal,1943), Diogo de Macedo (n. Vila nova de Gaia, 1889- f. Lisboa 1959), Dórdio Gomes (n. Arraiolos, 1890- f. Porto 1976) e seu irmão Henrique Franco (n. Funchal, 1883- f. Coimbra 1961); galeria Weyhe, Nova Iorque (1925); exposição de Boston, com Picasso, Louvencen e Mayol (1927); diversos salões da Sociedade Nacional de Belas-Artes (2ª medalha, 1929 e 1ª medalha, 1930); Exposição Ibero-Americana de Sevilha (1929); I Salão dos Independentes (1930); Exposição de Vincennes (1931); I Exposição de Arte Moderna (SPN/SNI, 1935); Exposição Universal de Paris (1937); I Exposição de Arte Sacra (1945); Bienal de Veneza (1950) e Bienal de São Paulo (1953). Merecem especial destaque as seguintes obras: "Infante D. Henrique" (1931); “Monumento a João Gonçalves Zarco” (1934); “D. Leonor” (1935); "Apostolado" da Igreja de Nossa Senhora de Fátima (1935); estátua de corpo inteiro de Salazar (para a Exposição Universal de Paris, em 1937); "D. João IV" e “D. Dinis” (1943); “D. João III” (1948) e "Monumento do Cristo-Rei" em Almada (concluída postumamente em 1959). A obra de Francisco Franco está também patente no Museu José Malhoa e no Museu Henrique e Francisco Franco, que foi inaugurado a 21 de agosto de 1987. 

Francisco Franco foi agraciado com o Grande Oficialato da Ordem de São Tiago e com a Medalha de Ouro de Mérito do Município do Funchal.