A construção da fortaleza de São Tiago deve ter-se iniciado por volta de 1614, conforme ainda hoje pode ver-se na inscrição do portão primitivo.

O início da construção deve ser atribuído ao mestre-de-obras Reais, Jerónimo Jorge, fortificador chegado à Madeira para substituir Mateus Fernandes, autor dos planos das muralhas defensivas da cidade e que aqui trabalhava desde 1567. Após a morte de Jerónimo Jorge em 1617, a obra foi continuada por seu filho, Bartolomeu João. A primeira fase das obras da fortaleza deve ter ficado concluída em 1637, em tempo de D. Filipe II de Portugal, (Filipe III de Espanha). No século XVIII vai assistir-se à segunda grande campanha de obras, dirigidas pelo Engenheiro Tossi Columbina (autor do projeto do porto do Funchal), sob as ordenações do então governador José Correia de Sá, que adquiriu novos engenhos pirobalísticos em Londres. A comemoração relativa e esta intervenção de obra é ainda presente na epígrafe que se observa sobre o novo portão, ostentando a data de 1767. Algumas modificações foram avançadas em tempo das guerras napoleónicas, no início do século XIX, tendo a fortaleza servido de aquartelamento a tropas britânicas. Já em 1803, na fortaleza foram recolhidas muitas famílias que haviam ficado sem abrigo aquando do terrível aluvião. Em meados do mesmo século foi construída a casa do comandante e da guarda.

No início do século XX voltaram a ser executados melhoramentos, até pela visita em 1901, D. Carlos I, Rei de Portugal. A Fortaleza era então quartel da Bateria de Artilharia Móvel. A entrega à Região Autónoma da Madeira desta unidade processou-se em 17 de Julho de 1992. Na época, servia de aquartelamento da Polícia do Exército e do Esquadrão de Lanceiros do Funchal.

Como projeto de ocupação dos espaços disponibilizados, o Governo Regional da Região Autónoma da Madeira, resolveu instalar um espaço militar e o Museu de Arte Contemporânea que foi criado em 1992. Desde 1986 que uma seleção de obras de arte esteve exposta na Quinta Magnólia no Funchal sobre a designação de Núcleo de Arte Contemporânea. A coleção tem a sua origem nos prémios Cidade do Funchal, organizados em 1966 e 1967, pela então Delegação de Turismo da Madeira. Aqui permaneceu até Outubro de 2015 data em que o Museu de Arte Contemporânea do Funchal foi transferido para a Casa das Mudas na Calheta, agora designado Mudas. Museu de Arte Contemporânea.

Dada a necessidade de reestruturação patrimonial da fortaleza, para além de Monumento Visitável, será aqui fixado o Laboratório de Arqueologia da RAM, da responsabilidade do arqueólogo da DRC, um projeto há muito pretendido, pela sua pertinência. A cultura material advinda da recente intervenção arqueológica no Forte de São Filipe, será devidamente triada, tratada, inventariada e conservada para posterior exposição e memória futura.

Simultaneamente será concebido um Centro de Interpretação do Monumento, com uma exposição de maior abrangência, elucidativa das defesas e fortificações do Funchal, num percurso histórico/cultural que acompanhou o crescimento demográfico e paisagístico; a evolução secular do forte e da sua relação geoestratégica com outros redutos militares na defesa da baía do Funchal.

Esta é a génese do futuro Museu de Arqueologia da Madeira, com a incorporação de outros acervos Regionais, advindos de escavações arqueológicas diversas. As peças exumadas são testemunho material da ocupação humana desde o séc. XV ao presente. As tipologias são variadas, bem elucidativas do quotidiano e das relações intercontinentais da Ilha da Madeira durante esses séculos. A história do arquipélago será “recontada” através dos artefactos, como se o passado soterrado emergisse para corroborar a História do Lugar.